《TOKYO MER～移动的急救室～电影版》的故事背景设定在东京的一个紧急医疗救援团队（MER）中。音羽（贺来贤人饰）离开后，为了在全国政令指定城市推广MER项目，第二医生的人选问题让喜多见（铃木亮平饰）感到头疼不已。与此同时，队伍内部也有人希望比奈（中条绫美饰）能够担任更重要的角色，但音羽却建议她专注于循环器外科的发展。面对着职业道路的压力与挑战，比奈内心充满了迷茫。就在这个时候，青户（伊藤淳史饰），作为厚生劳动省的医科技术官来到MER团队，表面上他是来替换音羽的位置，但实际上背后有着更深层次的原因。在这样复杂的情况下，隅田川发生了一场大型水上巴士和屋形船相撞的重大事故。一艘载满伤员且失去控制的屋形船，在暴走过程中，还暴露出了燃料泄漏引发爆炸的风险。面对这一紧急状况，喜多见等人决定进行一场殊死的救援行动，以确保船上所有人的安全。这不仅是一场对生死的挑战，更是他们作为医疗救援人员职责所在的一次考验。
