故事发生在美丽的志摩市。小男孩相泽透在一次意外中失去了母亲，但他并未因此消沉。一天，他出于好奇在海岛上发现了一块闪烁着红光的石头，并且这颗石头里还藏着一枚神秘的蛋。当小透将手靠近这块蛋时，竟然奇迹般地孵化出一只小乌龟。为了纪念去世的母亲，他给这只小乌龟取名“透透”。这一举动不仅使平时沉默寡言的小透变得开朗起来，也令他的父亲孝介感到欣慰。然而，这不仅仅是一只普通的小乌龟。根据青梅竹马的邻家女孩西尾麻衣的说法，透透可能是33年前以自爆方式拯救了志摩市的怪兽加美拉的幼体。随着透透逐渐长大，它不仅生长速度惊人，还会制造气流在空中飞行。得知这一秘密后，小透决定送一块当地流传能带来好运的绯红色守护石给麻衣作为礼物。这块石头正是透透孵化时从那块红光闪烁的石头中得到的。第二天，麻衣将前往名古屋的一家医院进行心脏手术，但小透希望这枚守护石能在某种意义上为麻衣提供保护。然而，在麻衣离开前，一场突如其来的危机打破了平静：一只凶恶的蜥蜴怪兽积达士突然出现，开始在市镇上肆虐，并袭击人类。危急关头，一个庞大身影出现了，竟然是年幼的加美拉——也就是透透。尽管此时的透透体型还只是成年加美拉的四分之一大小，但在这场与积达士的战斗中却表现出了非凡的力量。经过一番苦战后，透透终于将积达士逼入大海，并被政府内阁官员和巨型生物审议委员会带离现场。这时，麻衣的母亲来电告知手术顺利的消息，然而麻衣却在梦中一直念叨着要把守护石还给透透。为了帮助小透尽快回到名古屋，麻衣决定亲自前往送守护石，但她的父母和医生担心她的安全而极力劝阻。此时的透透也面临着积达士的再次袭击，力量尚未完全觉醒的小透显得无力回天。然而，就在危急时刻，麻衣决定不顾一切地完成自己的使命……
