《生化危机5：惩罚[国语版]》的故事发生在前一集中爱丽丝（米拉·乔沃维奇饰演）从冷冻中解救同伴们之后。正当他们准备逃离时，雇佣兵突然袭击，致使众人命悬一线。由于T病毒的变异，红皇后（Megan Charpentier饰演）的行为变得异常残暴，她意图消灭最后的人类以毁灭地球。唯一的希望落在了爱丽丝身上，为了阻止这一灾难性的事件发生，她必须面对重重困难。不幸的是，在这一过程中，失去了超能力的爱丽丝被保护伞公司囚禁在海底的一个秘密基地中。危急时刻，威斯克（肖恩·罗伯茨饰演）利用病毒侵入了保护伞公司的系统，并释放了爱丽丝，告诉她唯有她才能拯救人类。同时，艾达王（李冰冰饰演），一名曾经的保护伞公司员工，也加入了爱丽丝的行列，两人在逃亡中建立了深厚的友谊。为了达成目标，爱丽丝和她的伙伴们不得不解开一系列谜题、面对成群结队的丧尸，并克服重重困难。他们必须穿越东京、纽约、华盛顿和莫斯科四座城市，在每座城市中，他们都要与当地的丧尸军队进行战斗。最终，爱丽丝和她的战友们将共同对抗红皇后及其背后的保护伞公司，以阻止人类文明走向灭亡的命运。
