在未来的世界里，恶魔党携带着极具破坏力的赤盾病毒肆虐全球，短短七天内地球一半的土地已经沦陷。人们纷纷逃离家园，仅存于最后的保留地之中，苟延残喘。国际科学技术厅（ISO）博士南部（岸谷五朗饰）发现了一种神秘的石头，可以赋予特定的人以强大的力量。这种力量增强后的超级战士，成为了对抗恶魔党的关键力量。于是，ISO发掘了鹫尾健（松坂桃李饰）、大月纯（刚力彩芽饰）、大月甚平（滨田龙臣饰）和中西龙（铃木良平饰），经过一系列超乎常人想象的特训后，他们逐渐成长为科学忍者队的战士。其中，鹫尾健的老友浅仓乔治（绫野刚饰）也在战斗中加入队伍，共同保护恶魔党头目伊利亚（中村狮童饰），以期获取Last Suicide计划的具体信息。在这场充满阴谋与情感纠葛的斗争中，健和乔治内心深处的情感变化悄然发生。在面对深仇大恨的敌人时，他们不仅要战胜外敌，更要解开心中的伤痛与仇恨之结。
