19世纪的海洋上，大不列颠帝国凭借强大的海军力量，令维多利亚女王自傲无比（由伊梅尔达·斯汤顿配音）。然而，在这片海域中，仍活跃着一群海盗，他们虽身手不凡却往往战绩平平。这些海盗中最不成气候的是船长（休·格兰特配音），他带领的是一支以老弱病残为主的队伍，每次出海打劫都只留下满怀遗憾。这一天，他在血色之岛上遭遇了业内高手黑鬼贝拉（杰里米·皮文配音）和弯刀莉兹（萨尔玛·海耶克配音）等人的嘲笑，决定要证明自己的实力，赢得年度海盗大奖。于是，船长踏上了一段冒险之旅，前往伦敦参加年度科学家大赛。在旅途中，他意外结识了生物学家达尔文（大卫·田纳特配音）。达尔文发现船长的秘密武器竟然是早已灭绝的渡渡鸟，并提议让他参加科学竞赛。这个计划不仅给船长带来了前所未有的挑战，也让他的海盗生涯充满了未知与惊喜。《神奇海盗团》是英国阿德曼动画工作室首次尝试3D粘土停格动画技术的作品，以其独特的视角和幽默风格，为观众呈现了一段既充满冒险又富含哲理的精彩故事。
