在2004年的电影《奈克瑟斯奥特曼剧场版》中，故事的序幕从海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也）揭开。他无意间遇到了一种神秘蓝光，这导致他的遗传因子发生了变异，变成了一只名为THE ONE的巨大怪兽。与此同时，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了陪伴患先天性疾病的儿子继梦，毅然辞去了官职，在最后一次飞行中与“红色发光体”相遇并奇迹般生还。但随后他被BCST机关强制带往废工厂进行监视。随着THE ONE再次出现，人类面临前所未有的危机。在新宿街道上，THE ONE释放出毁灭性的超绝火炎光弹，将一切化为灰烬。此时的真木舜一为了保护家人和自己深爱的家族，再次变身成为能够与THE ONE对抗的存在——ULTRAMAN。真木舜一不仅身体进化至40米高，双臂还长出了锐利的肘刀，成为了无坚不摧的战斗者。在这场关乎生死存亡的决战中，ULTRAMAN不仅要战胜THE ONE，还要面对内心的挣扎和情感的考验，最终在新宿副市中心展开激烈的对决。这不仅是一场力量与智慧的较量，更是关于爱、牺牲与重生的故事。
