《秘境里斯本》是一部充满情感与历史交织的电影。十四岁的约翰自幼生活在修道院中，从未有过记忆中的亲人和过去。直到有一天，一位名叫安吉拉（Maria João Bastos 饰）的神秘妇人出现，她声称自己是约翰的母亲，并向他讲述了她的故事。安吉拉出身于贵族家庭，与同为贵族的席尔瓦（José Afonso Pimentel 饰）相爱。然而，这一爱情遭到了家族的极力反对。为了追求自由和真爱，安吉拉决定与席尔瓦私奔。但不幸的是，她的行动激怒了家族中的权贵人物，他们派出杀手企图除掉这对恋人及其未出生的孩子。危急关头，一位神父和一个神秘人的介入帮助安吉拉逃过了一劫。多年后，约翰成年后来到了巴黎，并在那里遇到了一位贵妇人。她委托约翰协助调查一起谋杀案，目标是杀死她哥哥的凶手。然而，这次任务却意外地揭示了约翰与安吉拉过去的秘密。影片以一场复杂而情感丰富的追忆之旅展开，不仅展现了爱情与家庭的主题，同时也融入了对葡萄牙历史和文化背景的深刻探索。
