在经历了五年曲折的调查后，《X档案：征服未来》将福克斯·穆德和丹娜·斯科莉的故事再次带回了公众视野。随着X档案被迫关闭，这对搭档被调至处理一些看似普通的案件，但很快他们便发现平静之下暗藏玄机。一次得克萨斯州达拉斯市的爆炸事件成为触发点，尽管穆德和斯科莉竭尽全力保护民众，四位无辜者还是不幸遇难。然而，不久之后，穆德意外得知这四名牺牲者的死亡时间早于爆炸发生的时间，这意味着真正的“爆炸案”可能是一场精心策划的骗局。这次事件只是冰山一角，穆德和斯科莉逐渐揭开了一个隐藏在暗处的秘密组织的真实面目——这个机构长期以来一直从事着与外星生命相关的研究。然而，他们的发现却引来了一系列不可预测的危险。面对强大的敌人以及不断施加的压力，这对搭档必须携手揭开真相，阻止可能给人类带来灭顶之灾的技术落入错误的手中。在这场充满未知与挑战的探险中，穆德和斯科莉不仅要应对内部的阴谋诡计，还要在时间与力量的双重压迫下探寻外星生命的秘密，最终揭开这一切背后的惊人真相。
