《智勇和尚》是一部充满传奇色彩的明朝武侠电影。故事发生在明熹宗年间，奸臣魏忠贤把持朝政，陷害忠良，东林党人顾宪成等人密谋上书揭发其罪行。然而，当他们计划泄露时，“羊皮密卷”却被钱员外所得，并试图向东厂告密。幸得小云的小友玲玲和小胖提醒，小云带着“羊皮密卷”逃到破庙中，被神秘道士“不知道人”救下并藏匿。小云化身为乞丐女，在少年石头、小豆子和鼻涕虫的陪伴下穿梭于市井之间。几经波折后，他们最终投奔了少林寺，并结识了忠良遗孤高天鹏。在寺庙中，他们受到青草大师的悉心教导。一天，小云随俗家弟子外出学剑法时不幸被魏忠贤的手下发现，一场恶战随之爆发。关键时刻，神秘道士、笑痴僧以及师妹青青和苗苗赶到助战。正当局势危急时，少林寺方丈被捕。为救方丈，小云冒险下山，却陷入重围。最终，在道士和其他少林弟子的帮助下，她成功脱险。经过一番激战，魏忠贤的爪牙被逐一击退。在古穴绝地中，心明大师以其毕生修为解除了魏忠贤的童子功，并牺牲了自己。最终，少林寺幸存者们通过智慧和勇气战胜了邪恶势力，保护了忠良之后与少林幼苗的安全。
