《兹山鱼谱》以18世纪朝鲜纯祖年间为背景，讲述了著名文人丁若铨（由薛景求饰演）因卷入“辛酉迫害事件”而被流放至偏远的黑山岛。在岛上，他对这里的海洋生物产生了浓厚的兴趣，并立志写一本关于海洋生物的书籍。他遇到了土生土长、对各种海洋生物了如指掌的青年渔夫昌大（由卞耀汉饰演）。起初，由于丁若铨的特殊身份，昌大对他有所保留，但丁若铨了解到昌大学习识字的过程充满艰辛，于是提议相互教授各自领域内的知识。两人因此结下了不解之缘，在彼此的学习与交流中逐渐产生了深厚的情谊。然而，随着故事的发展，两人的理想和追求也日渐明晰——丁若铨希望通过自己的努力完成关于海洋生物的著作，实现文人之梦；而昌大则希望借助学习文化知识改变命运。最终，他们意识到各自的道路不同，在相互尊重的基础上分道扬镳。影片通过对这段特殊时期历史背景下的人性探索与人物成长过程的细致刻画，展现了两位主人公在逆境中不屈的精神和对梦想追求的故事。
