《花好月圆》的故事发生在一个充满神秘色彩的古代宫廷中。元元公主（由杨千嬅饰演）是皇上期待已久的女儿，但不幸的是，她天生体臭难闻，众多御医束手无策。由于这种特殊的身体状况，无人愿意接近或与之交往。随着元元逐渐长大成人，皇帝宣布了一个决定：谁能治愈公主的怪病便能够成为她的丈夫。沈梦溪（由任贤齐饰演）是一名穷困潦倒但心地善良的花匠，他怀着满腔热忱参与了这项挑战。然而，首御医（钟镇涛饰）为了确保自己的徒弟能获胜，故意刁难梦溪，并使用各种手段导致梦溪失败。尽管如此，梦溪并未放弃，反而决定继续探索治愈公主的方法。在此过程中，他意外遇到了卖鱼少女含香（杨千嬅饰），两人发现彼此都有相同的身体困扰。情急之下，他们决定共同寻找传说中的花香香料以解救公主的困境。他们的旅途充满波折与挑战，但与此同时，两人的感情也逐渐升温。最终期限临近时，梦溪带着他新研制出的药物来到了皇宫，成功治愈了元元公主。在见到公主的那一刻，他惊讶地发现原来她就是自己最熟悉的人——含香，而这段旅程不仅治愈了身体上的病痛，还让两人找到了真正的心灵归宿。
