《心灵想要大声呼喊》的故事围绕着一个名叫成濑顺的女孩展开。在她年幼时，因为一言不合，父母便选择了离婚，这让原本幸福的家庭顷刻间支离破碎，也给幼小的成濑顺的心灵带来了巨大的创伤。从此之后，她封闭了自己的内心，不再轻易与人交谈。尽管如此，在升入高中后，命运似乎为她打开了另一扇门——班主任任命成濑顺担任“地域沟通交流会”的实行委员一职。这个职位要求她与其他成员紧密合作，共同举办一场旨在促进社区居民之间的交流和理解的活动。而与成濑顺一同被委任的还有几位性格迥异的同学：因意外受伤而不得不放弃甲子园梦想、热爱棒球的田崎大树；活泼可爱但总是陷于感情纠葛中的拉拉队长仁藤菜月；以及对未来毫无期待，习惯于自我放逐的拓实。在准备活动的过程中，成濑顺逐渐被周围同学的热情所感染，并开始尝试突破内心的坚冰，勇敢地向世界敞开自己。通过这次经历，她学会了如何与人沟通、理解他人，并找到了重新连接世界的勇气。
